DNA dizilemedeki ilerlemeler ve yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisi tarafından üretilen büyük miktarlarda genomik veri, biyologların bu büyük verileri daha kolay analiz edebilmeleri ve bir sonraki adımı atabilmeleri için yazılım geliştirme konusunda bir başlangıç fırsatı yarattı. Yeni aşılar, kanser tedavileri vb. geliştirme konusunda yardımcı olabilir.
Son dört yıldır, Mi Laboratuvarlarıİspanya’nın Bilbao kentinde bir Ar-Ge tesisine sahip San Francisco merkezli bir girişim olan , biyologların verilerini işlemesini, analiz etmesini ve toplamasını kolaylaştırmak için hesaplamalı bir biyoloji platformu oluşturuyor. Kullanılabilirliği artırmak için veri görselleştirme ve üretken yapay zeka gibi özellikleri içerir.
Platformu aynı zamanda diğer bilim insanları için bir pazar yeri olacak şekilde tasarlandı; böylece genomik araştırma topluluğunun faydasını genişletmeye devam etmek için uygulamalar şeklinde daha özel hesaplama araçları dağıtabilirler. MiLaboratories, becerileri biyoloji, bilgisayar bilimi ve matematiği kapsayan biyoenformatikçi olarak adlandırılan bilim adamlarını hedef alıyor.
“Bu, biyologlar için ‘kodsuz’ tarzda bir yaklaşım Ve ayrıca bir yayınlıyoruz [open source] CEO Stan Poslavsky, TechCrunch’a “SDK – yazılım geliştirme kiti – biyoinformatikçilerin gerçek uygulamalar oluşturmasına olanak tanıyor” dedi.
“Benim ve kurucularımızın bilimsel kariyeri boyunca büyük bir verimsizlik gördük. . . modern tedavilerin, modern ilaçların nasıl geliştirildiğini anlatıyor” diye açıklıyor. “Veriler (biyologlar tarafından oluşturulan büyük veriler, sıralama verileri) ile onlar için mevcut olmayan veri analizi arasındaki sürtüşme nedeniyle.”
NGS verilerinin analizini yapabilen “binlerce” yazılım programı ve araç olmasına rağmen, çoğunun, kullanılabilirlikten ziyade faydaya odaklanılan akademik çevrede geliştirildiğini söylüyor.
Biyologların birden fazla analizden elde edilen sonuçları bir araya getirip entegre etmelerine de ihtiyaç olduğunu söylüyor. “Birleşik bir resimde, neler olup bittiğini anlamanıza olanak tanıyor. Platformumuzun önemli ölçüde yardımcı olduğu yer burasıdır” diye öneriyor.
Başlangıç, platformunun biyoenformatikçileri genomik veri işlemenin zorlu işleriyle uğraşmak zorunda kalmaktan kurtaracağını, böylece bu çok disiplinli bilim adamlarının becerilerini en ileri bilimi ilerletmeye yardımcı olabilecek algoritmalar oluşturma gibi daha karmaşık görevlere uygulayabilmelerini umuyor.
Poslavsky, “Biyoenformatikçiler aslında biyologlar için yazılımı çalıştırmak gibi maymun işi yaparak çok fazla zaman harcıyorlar” diyor. “Bu verileri işlemek için Linux makinelerine sahip olmanız, SSH üzerinden geçmeniz, analizi gerçekleştirmek için karmaşık yazılım araçlarını çalıştırmanız ve verilerden içgörü elde etmeniz gerekiyor.”
“[A doctor] bunu Linux’ta, HPC’de yapacak beceri yok [high performance computing] çünkü yapacak başka işleri var. Şirketlerdeki ve akademisyenlerdeki çoğu biyoinformatikçinin yaptığı da aslında bu, araçları çalıştırmak gibi aylık bir iş.”
Perşembe günü, MiLaboratories resmi olarak SDK’sını tamamladı. Platforma.biobirkaç yıldır alfa ve beta testlerinde olmasına rağmen üçüncü taraf geliştiricilerin uygulamalara katkıda bulunmasına olanak tanır. (Poslavsky, “yaklaşık 300 laboratuvarın” betayı kullandığını ve şu ana kadar “yaklaşık 20” uygulamanın platform aracılığıyla kullanıma sunulduğunu söylüyor.)
“Platformda yer alan ilk uygulamalar, oldukça popüler olan biyolojik ve biyoinformatik uygulamalarımız etrafında şekilleniyor. . . [with] bağışıklık terapisi geliştirmelerinde yer alan şirketler ve kişiler. Ama zaten var. . . hem akademiden hem de sektörden iyi bir işbirlikleri ve uygulamalarını platforma taşımaya istekli insanlar var” diye ekliyor.
2021 yılında kurulan girişim aynı zamanda topluluk oluşturmaya yatırım yapmaya odaklanarak geliştirmeye devam etmek için 10 milyon dolarlık A Serisi finansman turunu da duyuruyor.
“Para toplamanın temel nedeni, platformumuzun geliştirilmesine daha fazla kişinin katkıda bulunmasıdır. Daha fazla mühendis alıyoruz. Çoğu biyoenformatik yazılımı akademide geliştirildiğinden, teknolojiyi öncelikle akademik topluluğa yayan geliştirici savunucuları olarak adlandırılan kişileri işe alıyoruz.
“Önümüzdeki yıl için [we will] teknolojinin topluluk çapında yayılmasına odaklanın ve topluluğun kendi uygulamalarını oluşturması, mevcut yazılımlarını tamamlaması ve bunları platform aracılığıyla sunması için harekete geçmesine odaklanın” diye ekliyor.
MiLaboratories’in A Serisi, Acrobator Ventures, EGB Capital, Courtyard Ventures, Somersault Ventures, Speedinvest ve Ten13’ün katılımıyla Madrid merkezli Kfund tarafından yönetiliyor.
Kfund’un genel ortağı Miguel Arias, yaptığı açıklamada şunları söyledi: “Geliştiriciler (bu durumda biyoenformatikçiler) ile iş kullanıcıları (bu durumda biyologlar) arasındaki boşluğu dolduran platformlara yatırım yapmak yapmak istediğimiz şeyin temelini oluşturuyor. bizim fonumuzda. İmmünolojik içgörülerin sunulmasını sağlayan karmaşık verilere erişimin demokratikleştirilmesinde muazzam bir potansiyel var.”
MiLaboratories, yazılımını akademisyenlere ücretsiz olarak sunuyor ancak ticari kullanıcılar için de ücretli bir model aracılığıyla gelir elde ediyor. Poslavsky’ye göre girişim bu aşamada 100 ödeme yapan müşteriye yaklaşıyor.
“Moderna, Bristol-Myers Squibb gibi büyük ilaç şirketlerinin çoğu bizim müşterilerimizdir” diye belirtiyor ve şunu ekliyor: “Gelirimiz var – iyi bir gelir – bu da girişim parasına bu kadar bağımlı olmamızı sağlıyor.”
2022’nin başında girişim 2,5 milyon dolarlık bir tohum turu topladı. Ayrıca daha önce birkaç melekten küçük bir ön tohum da almıştı.
Hesaplamalı biyoloji platformunu geliştirmenin zorluklarını tartışan Poslavsky, NGS tarafından üretilen şaşırtıcı miktarda verinin, girişimin “çılgın maliyetler” yaratmaktan kaçınmak için işleme verimliliğini sağlamaya çok dikkatli dikkat etmesi gerektiği anlamına geldiğini söylüyor.
“Uzayda üretilen veri miktarı aslında çılgınca” diye vurguluyor. “Büyük ilaç şirketleri, müşterilerimiz. . . şu ana kadar üretilmiş petabaytlarca genetik veriye sahipler. Yani bu çok büyük bir ölçek.”
MiLaboratories, Poslavsky’nin “çok gelişmiş” ve “matematiksel olarak kanıtlanmış” bir teknoloji olarak tanımladığı ve birçok hesaplama türünün “çok optimize edilmiş bir şekilde” gerçekleştirilmesine olanak tanıyan bir teknoloji geliştirdi. Patentini aldığı bu teknolojinin, platformun diğer bazı hesaplamalı iş akışı türlerine kıyasla 10 kat verimliliğe ulaşmasını sağladığını öne sürüyor.
“Bu çok önemli bir şey. Biyologun gözünden gizlenmiştir çünkü biyolog için değerli öneri ‘Düğmelere tıklayıp içgörü elde etmek istiyorum’dur ancak iş sahipleri için çok önemlidir.”
Rekabet açısından Poslavsky isimleri Seqera (ve Nextflow yazılımı) popülerlik ve değer teklifi açısından en yakın rakip. NGS işleme için açık kaynaklı araçlar da vardır: Gökadaancak MiLaboratories, platformunun araştırmacılara veri içgörülerine ulaşmak için daha erişilebilir bir yol sunduğunu düşünüyor.
