Destacados nombres de la Cosa Nostra en el estrado, como Luciano Leggio, el cajero de la mafia Pippo Calò, Salvatore Montalto, Michele Greco, detenido en el juicio en curso. Contumaci Totò Riina, Bernardo Provenzano y Leoluca Bagarella, mientras que Tano Badalamenti, el jefe de Cinisi, detenido en Estados Unidos, es juzgado en rebeldía.
La primera audiencia se celebró el 14 de febrero de 1986. Siguieron 348, decenas de interrogatorios y el histórico enfrentamiento entre Tommaso Buscetta y Pippo Calò. Calò sale definitivamente derrotado, tanto que otros mafiosos que habían pedido un cara a cara con el arrepentido se lo piensan.
En la nave verde se escenifican protestas desde las jaulas, falsas enfermedades, los gritos de las esposas e hijas de los jefes, testimonios dramáticos: como el de Vita Rugnetta, la mujer a cuyo hijo la mafia había asesinado, que desafía a los jefes en las jaulas por exhibiendo en el salón de clases la foto del niño asesinado.
Los fiscales Giuseppe Ayala y Domenico Signorino iniciaron su acusación el 22 de abril de 1987. Un j’accuse de 12 días que terminó con una solicitud de 28 cadenas perpetuas, 5.000 años de prisión, 24.000 millones de liras de multa y 45 absoluciones. Luego es el turno de las partes civiles y los abogados de los acusados. En total, los discursos son 635. El 11 de noviembre de 1987, el Tribunal de lo Penal se retira a la sala del consejo. Michele Greco «el papa» toma la palabra antes de que los jueces abandonen la sala del tribunal y dirige un deseo siniestro al presidente Giordano: «Le deseo paz».
Durante 35 días los jueces, totalmente aislados del mundo, trabajan en el veredicto. El 16 de diciembre de 1987, el presidente Alfonso Giordano leyó el dispositivo. Se tarda una hora y media en completar las 54 páginas con los nombres y las sentencias impuestas a los 346 condenados, 74 de los cuales fueron juzgados en rebeldía. Diecinueve cadenas perpetuas, 2.665 años de prisión y multas de 11.500 millones de liras. Los absueltos son 141. Más de doscientos imputados estuvieron presentes en la lectura del dispositivo en la sala de audiencias, quienes escucharon consternados las decisiones del Tribunal.