Bakker estuvo al frente del club de Ámsterdam durante dos temporadas. En enero, para su sorpresa, le dijeron que su contrato no se ampliaría.
Ganó el título en 2023 y la temporada pasada fue el primer club holandés en alcanzar los cuartos de final de la Liga de Campeones con el Ajax. También ganó la Copa KNVB con los futbolistas de Ámsterdam.
Bakker fue sucedido en el Ajax por Hesterine el gigante.