Stanford Üniversitesi liderliğindeki bir araştırma ekibi, en hızlı DNA dizileme tekniği için yeni bir Guinness Dünya Rekoru kırdı. Nasıl?’Veya’ Ne? İş akışı hızını hızlandırmak için AI bilgi işlemi kullanma. Bu çığır açan araştırma projesi Nvidia, Oxford Nanopore Technologies, Google, Baylor Tıp Fakültesi ve California Üniversitesi ile ortaklaşa geliştirildi ve DNA dizilimini sadece beş saat iki dakikada gerçekleştirerek genetiğin sınırlarını zorladı.
The New England Journal of Medicine’de yayınlanan çalışma, yeni teknolojileri kullanarak genom dizilemenin her adımını hızlandırmayı içeriyordu. Bunlar arasında, saatte 100 gigabase’den fazla veri oluşturmak için Oxford Nanopore PromethION Flow Cells üzerinde nanopore dizilimi ve çekirdek çağrıyı ve varyant çağrısını hızlandırmak için Google Cloud’da Nvidia GPU’ları kullanıldı. Bu büyük bilimsel atılımın arkasındaki araştırmacılar, “Veri boru hatlarımızı ve depolama sistemlerimizi tamamen yeniden düşünmek ve yeniden düzenlemek zorunda kaldık” diyor.
İkincisi, genom teşhisini hızlandırmak için Nvidia Clara Parabricks hesaplamalı genomik çerçevesine de güveniyordu. “Doğru insanların aniden bir araya gelip harika bir şey başardığı o harika anlardan sadece biriydi” diyorlar. Stanford’da projeden sorumlu tıp, genetik ve biyomedikal veri bilimi profesörü Euan Ashley, “Gerçekten yeni bir sınıra yaklaştığımızı hissettim” diyor.
Yeni atılımlar mı gelecek?
Araştırma için ekip, hızlandırılmış genom dizileme tekniğini Stanford hastanelerindeki yoğun bakım ünitelerinde teşhis konmamış hastalarda test etti. Toplam 12 hasta kaydedildi ve genomları dizilendi. Bu toplamın beşi, genetik tanıları hakkında hızlı geri bildirim aldı. Bir durumda, sadece beş saat iki dakika sürdü.
Araştırmacılar, DNA dizileme süresini azaltmanın, klinisyenlerin hastaları teşhis etmesine ve onlara uygun tedavileri daha hızlı sağlamasına izin vereceğine inanıyor. DNA dizilemesi için önceki Guinness Dünya Rekoru, Rady Çocuk Enstitüsü tarafından 14 saatti. Ekip şimdi, tekrar yarıya indirilebileceğine inanarak bu süreyi daha da kısaltmak istiyor.
Euan Ashley, “Bence hala ikiye bölebiliriz,” diyor. “Bunu başarırsak, bir hastane koğuş ziyareti tamamlanmadan yanıt alabilmekten bahsediyoruz. Bu dramatik bir sıçrama.”
Kaynak: ZDNet.com