Herkese merhaba ve ZDNet’in günlük editoryal podcast’i ZD Tech’e hoş geldiniz. Benim ismim Guillaume Serisi ve bugün sana açıklayacağım neden yeni bir dosya formatının DNA analiz süresini kısalttığı. Evet, eşzamanlı hesaplamalardan bahsedeceğiz.
DNA dizilimi ile üretilen verilerin işlenmesi zaman alıcıdır. Genellikle iki hafta sürer. Ancak şimdi yeni bir veri formatı, yarım günlük işlemeye geçmeyi mümkün kılıyor. Nasıl ve neden ? Pekala, aşağıdakileri dinleyin.
Bu yeni bilgisayar dosya formatı, nanogözenek dizileme analizini hızlandırıyor. Ve git! Başka bir anlaşılmaz terim.
Burada size nanopor dizilemenin ne olduğunu açıklıyorum. Bu DNA dizileme yöntemi 1995’ten beri kullanılmaktadır. Bunu yapmak için laboratuvar çalışanları bir nanometre çapında delikler kullanırlar, bu nedenle nanopor terimini kullanırlar. Ve nanopor dizilimi, örneğin kanser hastaları için tedavileri iyileştirebilir. Sorun, sıralama analiz süreci uzun sürüyor.
YAVAŞ5 ve HIZLI5
Ancak şimdi Avustralyalı araştırmacılar, sıralama analizini hızlandırabilecek yeni bir bilgisayar dosya formatı geliştirdiler. Evet, işlem süresini etkileyen bir dosya biçimi.
Bu araştırmacıların sonuçları dergide yayınlandı. Doğa Biyoteknolojisi. SLOW5 formatı, nanopore DNA dizilimini önceki dosya formatından “30 kattan daha hızlı” işleyebilir. Gülmeyin, bu biraz yavaş dosya formatına FAST5 denir.
Şimdiye kadar, DNA dizileme işlemi tarafından üretilen veriler rutin olarak FAST5 dosya formatlarında saklanmaktadır.
DNA dizilemesinin sonucu, yaklaşık 1,3 terabayt hacimli bir bilgisayar dosyasında bulunur. Bu, 650 saatlik yüksek çözünürlüklü videoya eşdeğerdir.
Ve bilgisayarların bir terabayttan fazla veriyi işlemesi yaklaşık iki hafta sürer. SLOW5 dosya formatı ile aynı hacimde bilgi için yarım güne gidiyoruz.
İşte bu yüzden.
paralel hesaplama
FAST5 formatının aksine, SLOW5 formatı paralel hesaplamaya izin verir. Yani, birden çok işlemci aynı dosyadan aynı anda birden çok tarama çalıştırabilir. Dolayısıyla bu çok önemli bir zaman tasarrufu.
Bir araştırmacı, “10 kişiyle çok büyük bir çukur kazmaya çalışmak gibi” diyor. “Tek bir kürek varsa, onu paylaşmak zorundasın. FAST5 ile işler böyle yürür. »
“Ama SLOW5 ile” diye devam ediyor, “herkesin kendi küreği var ve hepsi aynı anda kazabilir ve işi çok daha hızlı bitirebilir.”
FAST5 formatı, verilere paralel olarak erişilemediğinden yavaştır. 1990’larda o zamanlar yalnızca bir işlemciye sahip olan makinelerde çalışmak üzere tasarlanan hiyerarşik veri biçimine dayanmaktadır.
Modern makinelerde ise birkaç işlemci bulunur. Bu makinelerin bilgi işlem gücünün eşzamanlılığından yararlanmayı mümkün kılan bir dosya formatı icat etmek.
Podcast platformlarında ZD Tech’i bulun
- abone olmak için Apple Podcast’te ZD Tech, burada
- abone olmak için Spotify’da ZD Tech, işte burada
- abone olmak için Deezer’da ZD Tech, orada
- abone olmak için Podcast Addict’te ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Amazon Music’te ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Google Podcast’te ZD Tech, burayı tıklayın
- abone olmak için Cep Dökümlerinde ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Castbox’ta ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Bulutlu Bulutlu ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Castro’da ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Podtail’de ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için TuneIn’de ZD Tech, oraya tıklayın
- abone olmak için Podnews’de ZD Tech, burada
- abone olmak için Listen Notes’ta ZD Tech, işte burada
- abone olmak için Chartable’da ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Cast Box üzerinde ZD Tech, buraya tıklayın
- abone olmak için Android’de ZD Tech burada