{"id":31463,"date":"2022-03-13T06:29:28","date_gmt":"2022-03-13T08:29:28","guid":{"rendered":"https:\/\/teknomers.com\/fr\/comment-le-sequencage-genomique-peut-reperer-la-prochaine-variante-de-coronavirus\/"},"modified":"2022-03-13T06:29:59","modified_gmt":"2022-03-13T08:29:59","slug":"comment-le-sequencage-genomique-peut-reperer-la-prochaine-variante-de-coronavirus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/teknomers.com\/fr\/comment-le-sequencage-genomique-peut-reperer-la-prochaine-variante-de-coronavirus\/","title":{"rendered":"Comment le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique peut rep\u00e9rer la prochaine variante de coronavirus"},"content":{"rendered":"


\n<\/p>\n

\n

Une nouvelle variante de coronavirus qui fusionne des \u00e9l\u00e9ments de Delta et d’Omicron a \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9e la semaine derni\u00e8re, selon l’Organisation mondiale de la sant\u00e9 et GISAID, l’organisation qui suit la mutation des virus. Sa d\u00e9tection, disent les experts, met en \u00e9vidence le r\u00f4le important jou\u00e9 par la surveillance g\u00e9nomique.<\/p>\n

Il a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9 dans plusieurs r\u00e9gions de France, ainsi qu’au Danemark, aux Pays-Bas et en Allemagne. La variante \u2013 qui n’a pas encore \u00e9t\u00e9 nomm\u00e9e par les scientifiques mais qui a \u00e9t\u00e9 surnomm\u00e9e Deltacron dans certains m\u00e9dias \u2013 est en circulation depuis janvier. L’OMS a d\u00e9clar\u00e9 qu’il n’\u00e9tait pas encore clair si la variante \u00e9tait distincte de ses pr\u00e9d\u00e9cesseurs en termes d’infectiosit\u00e9 ou de gravit\u00e9, bien que des \u00e9tudes soient en cours.<\/p>\n

Deux ans apr\u00e8s que l’OMS a d\u00e9clar\u00e9 que Covid-19 \u00e9tait une pand\u00e9mie, les cas mondiaux commencent \u00e0 diminuer mais il tue toujours 50 000 personnes par semaine<\/a>. Environ 6 millions de personnes sont mortes dans la pand\u00e9mie, selon les donn\u00e9es officielles des gouvernements, bien qu’une \u00e9tude r\u00e9cente sugg\u00e8re que le nombre r\u00e9el de d\u00e9c\u00e8s li\u00e9s \u00e0 Covid pourrait \u00eatre trois fois plus \u00e9lev\u00e9. <\/p>\n

Les responsables de la sant\u00e9 publique ont exhort\u00e9 \u00e0 la complaisance alors que les pays du monde entier abandonnent les restrictions impos\u00e9es pour arr\u00eater la propagation de la maladie. “Nous sommes toujours confront\u00e9s \u00e0 la menace de nouvelles variantes de Covid qui pourraient \u00eatre plus graves, elles pourraient \u00eatre plus transmissibles ou elles pourraient m\u00eame \u00e9chapper \u00e0 la protection des vaccins actuels”, a d\u00e9clar\u00e9 la semaine derni\u00e8re Sajid Javid, secr\u00e9taire britannique \u00e0 la Sant\u00e9. <\/p>\n

Les \u00e9pid\u00e9miologistes s’accordent \u00e0 dire que l’\u00e9mergence de variantes virales sera le facteur le plus important dans l’\u00e9volution de la pand\u00e9mie. L’identification rapide des variantes pr\u00e9occupantes jouera un r\u00f4le cl\u00e9 dans la pr\u00e9vention de futures crises de sant\u00e9 publique.<\/p>\n

Comment les scientifiques identifient-ils et suivent-ils les nouvelles variantes\u00a0?<\/h2>\n

La principale voie est le \u00abs\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique\u00bb d’\u00e9chantillons pr\u00e9lev\u00e9s \u00e0 partir de tests PCR Covid. Le code g\u00e9n\u00e9tique du Sars-Cov-2 – son g\u00e9nome – est stock\u00e9 sous la forme d’une s\u00e9quence de quatre “bases” biochimiques dispos\u00e9es le long d’une longue mol\u00e9cule d’ARN. <\/p>\n

Pour lire le g\u00e9nome, les scientifiques convertissent l’ARN en ADN, une mol\u00e9cule \u00e9troitement apparent\u00e9e qui stocke le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique dans les cellules vivantes. La s\u00e9quence g\u00e9n\u00e9tique du virus peut alors \u00eatre lue par des machines qui servent \u00e9galement \u00e0 d\u00e9coder l’ADN humain, animal, bact\u00e9rien et v\u00e9g\u00e9tal.<\/p>\n

\n
<\/figure>\n<\/div>\n

Au Wellcome Sanger Institute, le plus grand centre de s\u00e9quen\u00e7age du Royaume-Uni, il faut g\u00e9n\u00e9ralement environ cinq jours pour transf\u00e9rer des \u00e9chantillons des laboratoires de test \u00e0 travers le pays vers les machines de s\u00e9quen\u00e7age, puis deux jours pour lire les 30 000 \u00ablettres\u00bb biochimiques du code g\u00e9n\u00e9tique viral dans chaque \u00e9chantillon. <\/p>\n

“C’est une grosse op\u00e9ration logistique”, a d\u00e9clar\u00e9 Ewan Harrison, sp\u00e9cialiste de la g\u00e9nomique microbienne \u00e0 l’institut.<\/p>\n

Une alternative \u00e0 l’analyse des virus d’individus infect\u00e9s est la g\u00e9nomique collective, utilisant des \u00e9chantillons d’eaux us\u00e9es et d’eaux us\u00e9es qui conservent des traces de coronavirus excr\u00e9t\u00e9 par les personnes. Cette technologie devient suffisamment sensible pour distinguer diff\u00e9rentes variantes virales plut\u00f4t que la simple pr\u00e9sence de Sars-Cov-2 dans la r\u00e9gion.<\/p>\n

“La surveillance des eaux us\u00e9es a fait des progr\u00e8s pendant la pand\u00e9mie et elle fera partie de la surveillance \u00e0 l’avenir”, a d\u00e9clar\u00e9 Harrison, “mais elle ne peut jamais nous en dire autant que le s\u00e9quen\u00e7age des individus avec les donn\u00e9es des patients qui peuvent nous en dire plus sur le biologie du variant.<\/p>\n

\n
\"Graphique<\/figure>\n<\/div>\n

Pourquoi la surveillance est-elle si importante ?<\/h2>\n

La surveillance par s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique doit \u00eatre maintenue \u00e0 un niveau efficace dans le monde entier pour identifier de nouvelles menaces alors que les gouvernements r\u00e9duisent les tests Covid, a d\u00e9clar\u00e9 Peter Bogner, directeur g\u00e9n\u00e9ral de GISAID.<\/p>\n

“Si nous devions r\u00e9duire globalement les tests, il y a un risque important que nous manquions plusieurs nouvelles variantes”, a d\u00e9clar\u00e9 Bogner. \u00ab La puissance d’une bonne strat\u00e9gie d’\u00e9chantillonnage est que les changements pertinents peuvent \u00eatre captur\u00e9s efficacement. Mais de tels efforts de surveillance doivent \u00eatre d\u00e9ploy\u00e9s \u00e0 l’\u00e9chelle mondiale. <\/p>\n

Il est important de noter que la recombinaison \u2013 lorsque deux mol\u00e9cules d’ADN \u00e9changent des morceaux de leur mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique l’une avec l’autre \u2013 est \u00e0 pr\u00e9voir, ont d\u00e9clar\u00e9 des responsables de l’OMS et d’autres, en particulier compte tenu des niveaux \u00e9lev\u00e9s de circulation virale en arri\u00e8re-plan. Il est \u00e9galement assez courant dans les virus de la grippe.<\/p>\n

Comment les diff\u00e9rents pays abordent-ils les tests et le s\u00e9quen\u00e7age\u00a0?<\/h2>\n

Les pays plus riches tels que les \u00c9tats-Unis et les pays europ\u00e9ens s\u00e9quencent g\u00e9n\u00e9ralement plus que leurs homologues plus pauvres. Une grande partie de cette diff\u00e9rence est due au fait que les \u00e9conomies avanc\u00e9es disposent d’un personnel plus qualifi\u00e9 et d’un meilleur acc\u00e8s au mat\u00e9riel – machines et r\u00e9actifs – n\u00e9cessaires pour effectuer le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique. <\/p>\n

Les experts disent qu’Omicron a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 \u00e0 quel point les in\u00e9galit\u00e9s dans la gestion de la pand\u00e9mie ne se limitaient pas \u00e0 l’approvisionnement en vaccins ou en tests et s’\u00e9tendaient \u00e0 des outils cl\u00e9s comme le s\u00e9quen\u00e7age. <\/p>\n

Mais le s\u00e9quen\u00e7age dans des endroits disposant de moins de ressources peut toujours donner des r\u00e9sultats puissants, comme en Afrique du Sud.<\/p>\n