Recherché : vaccins contre la bactérie E. coli. « De plus en plus de souches sont résistantes aux antibiotiques »

Escherichia coli doit son nom difficile à son découvreur, le médecin bavarois Theodor Escherich. Ils ont isolé la bactérie il y a près de 140 ans à partir des selles de nouveau-nés et de jeunes enfants. Entre-temps, E. coli – car c’est son surnom le plus court – est l’une des espèces bactériennes les plus étudiées.

On peut trouver E. coli dans l’environnement, mais aussi dans les intestins des humains et de divers animaux. Bien que la bactérie E. coli soit généralement inoffensive, certaines souches peuvent nous rendre malade. E. coli O157:H7, par exemple, provoque des crampes sévères et des diarrhées, parfois sanglantes.

Mais certaines bactéries E. coli peuvent également causer des problèmes en dehors des intestins. Ce qu’on appelle « ExPEC » – E. coli pathogène extra-intestinal (anglais pour les formes pathogènes en dehors des intestins) – sont souvent responsables d’infections urinaires, cause importante de méningite et de sepsis bactérien, réaction inflammatoire extrême aux conséquences graves.

Les très jeunes enfants et les personnes de plus de 65 ans sont particulièrement vulnérables à ces types d’infections à E. coli. Les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou qui souffrent de maladies sous-jacentes courent également un plus grand risque, tout comme celles qui voyagent dans des régions où il existe un plus grand risque de manger ou de boire des aliments ou de l’eau contaminés.

Les médecins utilisent généralement des antibiotiques contre les infections des voies urinaires causées par E. coli, par exemple, mais la résistance croissante aux antibiotiques signifie que nous devons de plus en plus rechercher d’autres pesticides.

Par exemple, selon l’Organisation mondiale de la santé, environ la moitié des souches d’E. coli responsables d’infections des voies urinaires sont résistantes aux antibiotiques les plus courants (cotrimoxazole et coprofloxacine).

Au total, les germes résistants aux antibiotiques sont responsables d’environ 700 000 décès par an, mais les scientifiques soupçonnent que ce chiffre va fortement augmenter. D’ici 2050, on s’attend à ce que jusqu’à 10 millions de décès par an soient dus à l’augmentation de la résistance, un chiffre supérieur au nombre total de victimes du cancer aujourd’hui (un peu plus de 8 millions).

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Les chercheurs sont pleinement engagés dans la recherche de nouveaux vaccins pour prévenir les infections à E. coli. « Un vaccin efficace pourrait aider à réduire à la fois la propagation actuelle et la mortalité », ont écrit des scientifiques canadiens plus tôt cette année dans la revue Microorganisms.

De nombreux vaccins ont été développés et testés ces dernières années contre différentes souches. Nous travaillons également dur dans ce sens dans notre pays. Le géant pharmaceutique Janssen mène des études cliniques avec un nouveau vaccin et a désormais un accord avec Sanofi pour le déployer davantage.

« Notre principal candidat vaccin est actuellement évalué en phase 3. Il s’agit de l’étude E.mbrace, pour la prévention des infections invasives à E. coli chez les adultes âgés de 60 ans et plus », indique un communiqué de Janssen.

C’est précisément parce que E. coli fait également partie de la flore intestinale de la plupart des gens qu’il n’est pas si simple de fabriquer un vaccin ciblé. Les scientifiques doivent veiller à ce que la réponse immunitaire provoquée n’attaque que les souches nocives et éviter que la muqueuse intestinale ne soit également endommagée.

« La recherche des bonnes cibles pour prévenir les infections spécifiques à E. coli est compliquée par la diversité des symptômes et par les différences entre et même au sein de certaines souches », ont déclaré les experts canadiens. Nous ne trouverons donc peut-être jamais un vaccin « idéal » capable de prévenir de multiples types d’infections et de maladies à E. coli, pensent-ils. Ils restent néanmoins optimistes quant aux développements prometteurs de la technologie vaccinale. Par exemple, on attend beaucoup des approches plus récentes telles que les vaccins à base d’ARNm, que nous connaissons déjà grâce à la lutte contre le COVID-19.

La bactérie pathogène E. coli peut également provoquer une méningite chez le bébé à naître. Pour des raisons techniques, il est beaucoup plus difficile de développer un vaccin contre cette maladie. Car bien qu’il existe des modèles animaux pour cette forme de méningite, la protection que les vaccins pourraient apporter n’arrive tout simplement que trop lentement. Il faut deux à trois semaines avant que l’immunité nécessaire puisse se développer.

Selon les experts canadiens, l’immunisation passive pourrait offrir une solution dans ce cas. Au lieu d’utiliser un vaccin pour inciter notre propre corps à produire des anticorps contre la cible en question, l’immunisation passive consiste à administrer directement des anticorps comme médicament. Une approche coûteuse et moins durable, mais qui fonctionne immédiatement.

E. coli ne rend pas seulement les gens malades. Les animaux peuvent également tomber gravement malades à cause d’une infection. C’est pourquoi un vaccin pour les oiseaux contre les infections par certaines souches d’E. coli est disponible depuis 2013.

Ce vaccin est disponible sous forme de poudre lyophilisée et est administré une seule fois aux poussins dans les élevages de volailles, soit par pulvérisation lorsqu’ils ont un jour, soit en l’ajoutant à l’eau de boisson des poussins lorsqu’ils ont au moins cinq jours. Malheureusement, ce vaccin ne protège pas contre toutes les souches qui peuvent rendre les oiseaux malades, il n’offre donc qu’une protection partielle contre les infections à E. coli.

Outre les oiseaux, les vaches et les porcs peuvent également être abattus par E. coli. Les jeunes porcelets et les veaux âgés de quelques jours ou semaines en particulier peuvent développer une diarrhée sévère due à une infection. Chez les truies et les vaches adultes, E. coli provoque une mammite, une inflammation des glandes mammaires ou du pis. La mammite entraîne une production de lait anormale et réduite et, dans les cas graves, peut même entraîner la mort de la mère et des nouveau-nés.

Tout comme chez les humains, la résistance accrue aux antibiotiques constitue un problème croissant. C’est pourquoi la médecine vétérinaire étudie également de nouvelles stratégies de vaccination.

En attendant que les vaccins fonctionnent correctement, les experts recommandent de prendre d’autres mesures préventives. « Une bonne hygiène, l’accès à l’eau potable, l’allaitement maternel exclusif, une nutrition optimale et la vaccination contre d’autres agents pathogènes tels que le rotavirus et la rougeole sont tout aussi importants pour prévenir les infections », écrivent-ils.

« Espérons que des vaccins efficaces permettront de réduire le nombre et la variété des maladies infectieuses causées par E. coli chez les humains et les animaux, car pour l’instant, l’impact économique et médical mondial est important. »

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