L’équipe jaune-bleu foncé n’a pas pu participer à la Ligue des champions, perdant le deuxième match 1-0 à domicile, après avoir fait match nul 2-2 à l’extérieur lors du premier match.
Participant à la « Giants League » lors de la saison 2012-2013 dès le 3e tour de qualification, Fenerbahçe a éliminé l’équipe roumaine de Vaslui et s’est qualifié pour les barrages. Dans ce tour, l’équipe jaune-bleu foncé a affronté l’équipe russe du Spartak Moscou et a poursuivi son chemin vers l’UEFA Europa League après avoir perdu 2-1 sur la route d’un match nul 1-1 à domicile.
Lors de la saison 2013-2014, Fenerbahçe, qui a été inclus dans la « ligue des géants » dès le 3e tour de qualification, comme la saison précédente, a éliminé l’équipe autrichienne de Salzbourg et s’est fait un nom dans les barrages. Fenerbahce, confronté à l’équipe d’Angleterre d’Arsenal dans ce tour, a été battu par 3-0 à domicile et 2-0 à l’extérieur.