D’excellents noms de Cosa Nostra à la barre, comme Luciano Leggio, le caissier de la mafia Pippo Calò, Salvatore Montalto, Michele Greco, arrêtés dans le procès en cours. Contumaci Totò Riina, Bernardo Provenzano et Leoluca Bagarella, tandis que Tano Badalamenti, le patron de Cinisi, détenu aux États-Unis, est jugé par contumace.
La première audience a eu lieu le 14 février 1986. 348 ont suivi, des dizaines d’interrogatoires et la confrontation historique entre Tommaso Buscetta et Pippo Calò. Calò sort définitivement vaincu, à tel point que d’autres mafiosi qui avaient demandé un face à face avec le repenti y réfléchissent.
Dans le vaisseau vert se mettent en scène les protestations des cages, les fausses maladies, les cris des femmes et des filles des patrons, des témoignages dramatiques : comme cette Vita Rugnetta, la femme dont la mafia a tué le fils, qui défie les patrons dans les cages en exposer en classe la photo du garçon assassiné.
Les procureurs Giuseppe Ayala et Domenico Signorino ont commencé leur inculpation le 22 avril 1987. Un j’accuse de 12 jours se terminant par une demande de 28 condamnations à perpétuité, 5 000 ans de prison, 24 milliards de lires d’amende et 45 acquittements. Puis c’est au tour des parties civiles et des avocats des prévenus. Au total, les interventions sont au nombre de 635. Le 11 novembre 1987, la cour d’assises se retire en chambre du conseil. Michele Greco « le pape » prend la parole avant que les juges ne quittent la salle d’audience et adresse un vœu sinistre au président Giordano : « Je vous souhaite la paix ».
Pendant 35 jours, les juges, totalement isolés du monde, travaillent au verdict. Le 16 décembre 1987, le président Alfonso Giordano a lu le dispositif. Il faut une heure et demie pour compléter les 54 pages avec les noms et les peines infligées aux 346 condamnés, dont 74 ont été jugés par contumace. Dix-neuf condamnations à perpétuité, 2 665 ans de prison et 11,5 milliards de lires d’amende. Les acquittés sont au nombre de 141. Plus de deux cents accusés étaient présents à la lecture de l’appareil dans la salle d’audience, qui ont écouté avec consternation les décisions de la Cour.