Sophie Louwaars du Rijkswaterstaat note qu’en plus du soin supplémentaire apporté aux plantes, des stations de pompage respectueuses des poissons ont également été envisagées, le rendu rugueux des pierres afin que les plaques d’eau puissent y être fixées plus rapidement, des trous dans les blocs de béton où les poissons peuvent se cacher et le réglage de l’éclairage pour que les chauves-souris n’en soient pas gênées.
Tout comme les oiseaux et les chauves-souris, les papillons utilisent également l’Afsluitdijk pour leur migration automnale vers le sud. Parfois même, ils se réfugient entre les blocs de béton pour reprendre des forces.