Depuis son apparition en novembre dernier, toutes les variantes les plus importantes du virus sont issues d’une seule lignée, Omicron. L’une des sous-variantes les plus froides, nommée Ba.2.75.2, présente la capacité de contourner les réponses immunitaires mieux que toutes les formes précédentes. Pour l’instant, il représente une part infinitésimale du nombre total de cas dans le monde, mais par les experts, il est observé avec une grande attention précisément en raison de certaines de ses caractéristiques potentiellement à risque.
Surveillance de l’OMS
La circulation actuelle du SRAS-CoV-2 est caractérisée par des sous-lignées Omicron et une large diversité génétique. Plus de 230 descendants ont émergé », des « fils » d’Omicron, le variant qui fut le protagoniste incontesté de la pandémie de 2022, « et plus de 30 recombinants ». Ces variantes sont surveillées et évaluées par l’Organisation mondiale de la santé sur la base de critères de constellations génétiques de mutations, d’une prévalence accrue dans une zone géographique, ainsi que de toute preuve de changements phénotypiques.
Mutations à grande vitesse
Le nombre élevé de lignées confirme également ce qu’a également observé Marco Cavaleri, responsable de la stratégie pour les menaces sanitaires et les vaccins de l’Agence européenne des médicaments (EMA), qui ces derniers jours avait souligné à quel point le SRAS-CoV-2 était « encore assez imprévisible ». ». Un fait pertinent, avait souligné Cavaleri, est que « cela change à une vitesse folle et continue de le faire ». L’OMS, dans sa focalisation sur les variantes, explique que toutes ces lignées produites sous la famille Omicron « ont plusieurs mutations supplémentaires, mais la plupart d’entre elles ne méritent pas d’être préoccupantes, même sur la base des connaissances actuelles des sites génétiques pertinents ».
Ba.5 dominant dans le monde
Pour l’OMS dans le monde, du 19 août au 19 septembre 2022, plus de 120 000 séquences virales ont été partagées via la base de données Gisaid. Parmi ceux-ci, près de 119 500 étaient Omicron, qui représente 99 % de toutes les séquences virales signalées dans le monde au cours des 30 derniers jours. À Omicron, à partir de la semaine épidémiologique 35 (29 août-4 septembre 2022), les lignées descendantes regroupées sous Ba.5 présentent la prévalence relative la plus élevée (76,6 %), suivies du groupe Ba.4 (7,5 %). Au cours de la même période, les autres « sœurs » – c’est-à-dire le groupe Ba.3, le groupe Ba.2 (à l’exclusion de Centaurus Ba.2.75) et le groupe Ba.1 ont diminué leur prévalence globale à moins de 1 %. L’OMS explique qu’à ce jour 6 souches sont actuellement classées comme sous-variantes d’Omicron sous surveillance.
Les risques d’une « fuite immunitaire »
Le chapitre Ba.2.75, la sous-variante d’Omicron 2 nommée Centaurus, est traité séparément. Et l’OMS explique que « Ba.2.75 est surveillé pour 9 mutations supplémentaires observées dans le pic par rapport à son » parent « lignée Ba.2 » ; 4 sont dans le domaine de liaison au récepteur (Rbd) et au moins une de ces mutations Rbd « a été associée à une fuite immunitaire » dans les variantes précédentes. « La prévalence mondiale du Ba.2.75 – précise l’OMS – est faible (1,26% à la semaine 35), mais a augmenté ces dernières semaines ». Pendant ce temps, un total de 48 pays ont signalé la détection de Centaurus. La plupart des séquences signalées proviennent d’Inde.