La sous-variante Ba.5 d’Omicron est candidate pour devenir un « gardien spécial ». Au Portugal, en raison de la croissance soudaine des cas de Covid-19, elle est suspectée, un bond qui a été égalé en France mais aussi en Allemagne ces derniers jours. Bien que la période soit caractérisée dans notre pays par une décroissance lente mais progressive des infections, la nouvelle mutation est surveillée avec attention en raison de sa forte transmissibilité. Le plus résumé par le virologue Fabrizio Pregliasco concerne sa « plus grande diffusivité, bien plus que toutes les autres ». Plus contagieux, « mais moins grave ».
Le revirement
Pour le moment, Ba.5 est un problème, en particulier au Portugal où, selon les données de l’Université John Hopkins, les cas de Covid sont passés de plus de 11 000 enregistrés début avril à environ 28 000. « Pour nous, cela pourrait devenir un problème à l’automne », explique Pregliasco qui, à propos d’une éventuelle quatrième dose de vaccin, fait l’hypothèse d’une vaccination bivalente en septembre. Après de nombreuses semaines de baisse continue, même s’il n’y a désormais aucune précaution au total, la France marque aussi un renversement de tendance. Les masques ont disparu des transports depuis le début du printemps et il n’y a plus de règles ni de limites pour les rassemblements. Malgré la fin des précautions, le nombre de cas quotidiens de Covid-19 a diminué depuis mars à un rythme d’environ 20% chaque semaine. Mais dès la fête de l’Ascension, il y a une semaine, l’accélération semble reprendre. La reprise inattendue a plutôt pris tout le monde par surprise et les épidémiologistes émettent l’hypothèse qu’il y a à l’origine les sous-variantes Ba.4 et Ba.5, qui appartiennent à la veine Omicron mais sont plus contagieuses que Ba.2. Les professionnels de santé eux-mêmes prédisent que ces deux variantes, qui ne cessent de croître, deviendront prédominantes en France à la mi-juin.
Les chiffres en Italie
Comme le reste du monde, Omicron est la variante du coronavirus qui domine absolument. Quant aux deux sous-variantes Ba.4 et Ba.5, les données de l’Institut supérieur de la santé se référant au 3 mai dernier indiquaient que les séquences détectées correspondaient respectivement à 0,47% et 0,41% des séquences totales du virus obtenues en Italie. Quant à la circulation du Ba.5 en Europe, les données de l’Agence britannique de sécurité sanitaire (Ukhsa) relatives au 8 mai dernier indiquent qu’à cette époque au Portugal il représentait 18,47% du virus en circulation (au 20 mai il avait augmenté à 37 %), contre les pourcentages nettement plus faibles de l’Allemagne et de la Grande-Bretagne (1,28 % dans les deux cas), puis de la France (0,88 %) et du Danemark (0,41 %). Dans le bulletin publié aujourd’hui par le ministère de la Santé, 8 512 nouveaux diagnostics et 70 décès ont été enregistrés au cours des dernières 24 heures : donc, par rapport au chiffre précédent (15 082), les cas ont diminué de moitié, même si les prélèvements analysés sont nettement inférieurs ( 75 010 contre 123 699 la veille). Les admissions en service ordinaire sont en hausse (+42) mais en intensif (-1) en baisse. Les décès augmentent : 70 contre les 27 précédents.
Deux mutations sous l’objectif
En attendant, les premières données commencent à arriver selon lesquelles il possède au moins deux mutations qui le rendent plus contagieux que ses sœurs, c’est-à-dire aux autres sous-variantes d’Omicron que nous avons jusqu’à présent apprises, tout d’abord Ba. 2. Ba.4 est une exception, dans laquelle les mêmes mutations ont été identifiées. C’est le tableau général qui amène de nombreux experts à soupçonner que Ba.4 et Ba.5 pourraient être un signe que le SRAS-CoV-2 est en train de changer, au point de provoquer des ondes périodiques. Le débat, auquel la revue Nature consacre beaucoup d’espace sur son site internet, au point que certains experts estiment que les sous-variantes capables de générer de nouvelles vagues méritent un nom propre, comme cela s’est produit jusqu’ici pour les variantes, de Alpha à Delta. « Il est vraiment prématuré de dire que le virus SARS-CoV-2 s’affaiblit », observe le virologue Francesco Broccolo, de l’université Bicocca de Milan.
Les mécanismes supposés
Pour signaler que le Ba.5 d’Omicron est plus contagieux que les autres sous-variantes de la même famille d’Omicron, ce sont les données en ligne sur la plateforme BiorXiv, qui comprend des études non encore examinées par la communauté scientifique, le résultat de recherches menées au Japon et coordonnées par Izumi Kimur, de l’Université de Tokyo : Ba.5, comme Ba.4, possède une mutation qui lui permet de se lier plus efficacement aux cellules humaines, déjà observée dans les variantes Delta et Lambda. Selon Broccolo, trois raisons pourraient lier la présence du sous-variant Ba.5 à l’augmentation des cas au Portugal : la première est la mutation L452R, qui seule est capable de modifier fortement la structure de la protéine Spike. avec lequel le virus se fixe sur les cellules humaines. Le second élément se trouve dans les données selon lesquelles « les deux sous-variants échapperaient davantage aux anticorps, aussi bien ceux générés par le vaccin que ceux générés par les infections causées par Ba.1, Ba.2 et Ba.2.12.1 » ; le troisième est dans le fait que, comme la variante Delta, Ba.5 est également syncytium, c’est-à-dire que les cellules pulmonaires infectées par le virus fusionnent avec les cellules saines adjacentes.