Abidal a commencé le football dans l’équipe de jeunes de Lyon Duchère, l’équipe de la ville de Lyon, où il est né. Il débute sa carrière professionnelle à Monaco le 16 septembre 2000 à Monaco.
Le footballeur qui a disputé 25 matches de championnat ici a été transféré à Lille après l’entraîneur Claude Puel, qui a rejoint l’équipe de Lille en 2002. Abidal, qui a également disputé 62 matches dans cette équipe, a été transféré dans l’équipe de sa ville natale, l’Olimpik Lyon, en 2004. Le footballeur, qui a remporté le championnat de France 3 fois de suite ici, a côtoyé des joueurs importants tels que Grégory Coupet, François Clerc, Anthony Réveillère, Cris et Caçapa au milieu de la défense.
Le 17 janvier 2007, il inscrit son premier but pour l’Olympique Lyonnais face au Mans en demi-finale de Coupe de la Ligue. La même année, le 30 juin, il est transféré dans l’équipe de Barcelone moyennant une indemnité de transfert de 9 millions d’euros. Le joueur, qui a signé un contrat de quatre ans, a choisi le numéro 22 car le maillot numéro 20 qu’il portait pour l’équipe de Lyon a été acheté par Deco.