A documenté la plus longue infection au Sars-CoV-2 de tous les temps : d’une durée de 505 jours, elle s’est emparée d’un patient immunodéprimé, qui n’a ensuite pas survécu malgré les thérapies. Présenté à Lisbonne lors du congrès de la Société européenne de microbiologie clinique et des maladies infectieuses par des experts du King’s College de Londres et du Guy’s and St Thomas’ NHS Foundation Trust, le rapport de cas renforce l’idée que de nouvelles variantes de covid se sont formées précisément chez ces patients qui ne parviennent pas à guérir.
L’enregistrement précédent
Un peu moins d’un an et demi, seulement pour être vaincu. Battant même le précédent record, celui d’une femme de 48 ans immunodéprimée atteinte de diabète de type 2 et d’un lymphome à grandes cellules B derrière elle, qui est restée positive pendant 335 jours. Au-delà des durées extraordinairement prolongées, ces cas posent un problème : celui de comprendre comment le virus se modifie en s’hébergant chez des personnes aux systèmes immunitaires « désactivés ». Des scientifiques ont étudié 9 patients Covid à Londres et apportent la preuve que de nouvelles variantes du virus peuvent apparaître chez les « éternels positifs », immunodéprimés qui ne parviennent pas à éradiquer l’ennemi.
Indications cruciales de l’étude
Le Sars-CoV-2 avait muté dans 5 des cas analysés et chez un patient contenait « 10 mutations qui seraient apparues séparément dans des variantes préoccupantes telles que Alpha, Gamma et Omicron », rapportent les experts dans la note. Les auteurs de l’étude présentent les résultats de leur analyse lors du congrès Eccmid 2022, prévu du 23 au 26 avril, et illustrent également les détails d’une des premières infections occultes de Covid : des cas, c’est-à-dire dans lesquels on pensait que le patient avait éliminé le virus, avec un test négatif pour confirmer, mais plus tard, il s’avère qu’il avait l’infection en cours. « Nous voulions étudier quelles mutations se produisent et si les variantes évoluent chez ces personnes infectées de manière persistante », explique Luke Blagdon Snell, de Guy’s and St Thomas’ Nhs Foundation Trust, premier auteur de l’étude.
Maladie ou traitement médical concomitant
Pendant la pandémie, comme nous l’avons vu, plusieurs nouveaux mutants Sars-CoV-2 sont apparus. «Certaines de ces variantes – observe l’expert – se transmettent plus facilement, provoquent des maladies plus graves ou rendent les vaccins moins efficaces. Une théorie est qu’ils évoluent chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli par une maladie ou des traitements médicaux tels que la chimiothérapie, qui peuvent avoir une infection prolongée par le SRAS-CoV-2.
Le développement de multiples mutations
Les 9 patients immunodéprimés impliqués dans l’étude ont été testés positifs pour le virus pendant au moins 8 semaines. Les infections ont persisté en moyenne 73 jours, mais 2 d’entre elles sont restées positives pendant plus d’un an. Les cas ont été étudiés entre mars 2020 et décembre 2021. Dans le détail, il s’agissait de personnes dont le système immunitaire était affaibli en raison de greffes d’organes, d’infections par le VIH, de cancers ou de traitements médicaux pour d’autres maladies. Des prélèvements réguliers et des analyses génétiques du virus ont montré que 5 patients ont développé au moins une mutation observée dans les variantes préoccupantes. Certains ont développé de multiples mutations associées à des variantes telles que Alpha, Delta et Omicron. Parmi eux, le cas du patient dont le virus contenait 10 mutations alors détectées séparément dans les variants Alpha, Gamma et Omicron. « Cela fournit la preuve que les mutations trouvées dans les variantes préoccupantes surviennent chez les patients immunodéprimés – remarquent Snell et ses collègues – Preuve qui soutient l’idée que de nouvelles variantes virales peuvent se développer » chez les personnes présentant ces caractéristiques. « Il est important de noter, cependant, qu’aucun des patients impliqués dans notre travail n’a développé de nouvelles variantes qui sont devenues par la suite des variantes très préoccupantes », soulignent les auteurs. De plus, « bien que cette étude montre que des variants pourraient survenir chez les immunodéprimés, on ne sait toujours pas si les variants préoccupants » qui sont devenus dominants de temps à autre, « comme Alpha, Delta et Omicron, sont apparus de cette manière ».