Van Bommel es el cuarto descendiente de futbolistas de la familia Van Bommel/Van Marwijk, después de su abuelo Bert, su padre Mark y su hermano Thomas. Thomas y Ruben son compañeros de equipo en MVV, donde Van Marwijk también estuvo bajo contrato entre 1978 y 1986. Pa Van Bommel comenzó su carrera un poco más al norte en Limburg, en Fortuna Sittard.