Miyake nació en Hiroshima y tenía siete años cuando la bomba atómica cayó sobre la ciudad. Estaba en un salón de clases en ese momento. En su vida posterior, se mostró reacio a hablar sobre el evento. En 2009 escribió en el New York Times que no quería ser etiquetado como ‘el diseñador que sobrevivió a la bomba’.
Después de estudiar diseño gráfico en una universidad de arte en Tokio, aprendió a diseñar ropa en París, donde trabajó con los famosos diseñadores de moda Guy Laroche y Hubert de Givenchy, antes de mudarse a Nueva York. En 1970 regresó a Tokio y fundó Miyake Design Studio.
Eventualmente desarrolló numerosas líneas de moda, desde su línea principal Issey Miyake para hombres y mujeres hasta bolsos, relojes y perfumes, antes de retirarse en 1997 para dedicarse a la investigación. También era conocido por los icónicos suéteres de cuello alto que siempre usaba el difunto fundador de Apple, Steve Jobs.