En noviembre de ese año, soldados salvadoreños asesinaron a seis jesuitas, a su cocinera ya su hija. Los asesinatos ocurrieron en el campus de la Universidad Centroamericana en San Salvador el 16 de noviembre de 1989. Algunas de las víctimas tenían nacionalidad española y salvadoreña.
Cristiani, entonces presidente del país centroamericano, no hizo lo suficiente para detener los asesinatos, según los fiscales, y supuestamente ayudó a encubrirlos después.
En El Salvador, una sangrienta guerra civil estalló en la década de 1980 entre el gobierno del derechista Cristiani y el movimiento guerrillero de izquierda FMLN. Los gobernantes de entonces acusaron a muchos clérigos de apoyar a los rebeldes.
El asesinato de los jesuitas es uno de los abusos más notorios de la Guerra Civil salvadoreña. Varios soldados de alto rango y retirados están siendo procesados en el caso. El expresidente Cristiani niega todas las acusaciones en su contra.