Transferido al club Borussia Dortmund el 7 de junio de 2016 con una tarifa de transferencia de 9,75 millones de euros, Emre Mor anotó su primer gol en el equipo Borussia Dortmund contra el club Darmstadt el 17 de septiembre de 2016 y levantó las redes.
El 29 de agosto de 2017, Mor firmó un acuerdo con el club español Celta Vigo y Emre Mor firmó un contrato de préstamo por un año con el Galatasaray, uno de los equipos de la Superliga, en el período de transferencia de verano de 2019.
Emre Mor firmó un contrato de media temporada con el Olimpiakos, uno de los equipos de la Superliga, el 31 de enero de 2020, en el último día de la temporada de fichajes de medio tiempo, y regresó al Celta de Vigo después de estar 1 temporada cedido. Jugando su primer partido de Liga en la temporada 2020-21 el 12 de septiembre, Mor siguió formando parte de la plantilla del Celta de Vigo como los 11 primeros jugadores.