Bajo el liderazgo de Kibaki durante más de diez años (2002-2013), Kenia experimentó un fuerte crecimiento económico, muchos niños tuvieron la oportunidad de ir a la escuela por primera vez y el país mejoró considerablemente su infraestructura. Por otro lado, la corrupción y las crecientes tensiones étnicas caracterizaron el reinado de Kibaki. El punto más bajo fue la violencia electoral de 2007 y 2008, cuando más de mil kenianos fueron asesinados y todo el país amenazó con colapsar.
El presidente actual, Uhuru Kenyatta, elogió el viernes a Kibaki como un «patriota» que sirvió a su país durante décadas, incluso como ministro de finanzas en la década de 1970. Las críticas provienen, entre otros, de Shadrack Wanjala Nasong’o, profesor keniano de Relaciones Internacionales: en el sitio web La conversación recuerda cómo Kibaki prestó juramento rápidamente para un segundo mandato en diciembre de 2007, aunque parecía que había perdido las elecciones. Esa misma noche estalló la violencia en Kenia.
El nombramiento de Kibaki en 2002 fue considerado como una «segunda liberación».
Qué diferente era el ambiente en 2002, cuando Kibaki asumió el cargo de presidente: Kenia estaba francamente euforia. La victoria de Kibaki en las elecciones de ese año puso fin al gobierno de 24 años de Daniel arap Moi, un autócrata conocido por sus abusos contra los derechos humanos, el enriquecimiento personal y el nepotismo. ‘La segunda liberación’, los kenianos llamaron la victoria de Kibaki: la primera liberación fue la independencia de Kenia en 1963.
Kibaki tuvo un buen comienzo como presidente. En solo un año, un programa especial trajo a más de un millón de niños nuevos a la escuela. Kibaki también nombró a un destacado activista de derechos humanos como activista anticorrupción. Y con la ayuda de China en particular, se construyeron muchas carreteras nuevas.
Muchos kenianos han perdonado a Kibaki por servir como ministro e incluso vicepresidente bajo su predecesor Moi durante mucho tiempo una década antes. A los ojos de los demás, Kibaki seguía siendo un oportunista puro. Kibaki no rompió formalmente con Moi hasta 1991, cuando Kenia, bajo una gran presión internacional, disolvió el estado de partido único y anunció elecciones libres. En 1992 y 1997, Kibaki se postuló sin éxito para la presidencia.
Kibaki se rodeó de su propio grupo étnico.
Después de su victoria en 2002, los lados menos atractivos de la presidencia de Kibaki salieron a la luz gradualmente. Se rodeó de políticos y empresarios de su propia etnia, los Kikuyu. La sombría camarilla alrededor de Kibaki era conocida como la Mafia del Monte Kenia, por el área de donde provienen. Además, el hombre designado por Kibaki para luchar contra la corrupción, John Githongo, renunció a su trabajo en 2005 debido a una amenaza de muerte.
Las cosas salieron terriblemente mal cuando Kibaki fue reelegido como presidente en 2007. Después de las controvertidas elecciones, se descubrió que tanto su bando como el del líder de la oposición, Raila Odinga, habían planeado deliberadamente la violencia. Durante semanas, las milicias armadas se atacaron entre sí y atacaron a civiles inocentes, matando a más de 1.100 kenianos y desplazando a cerca de medio millón de personas. El genio solo volvió a entrar en la botella cuando Kibaki, bajo la inmensa presión de los EE. UU. y el líder de la ONU, Kofi Annan, entre otros, acordó un gobierno de coalición en el que su rival Odinga se convirtió en primer ministro.
El matrimonio inestable entre Kibaki y Odinga resultó en una nueva constitución en 2010 que restringió un poco el poder del presidente de Kenia al otorgar más influencia a los administradores locales. Después de 2013, cuando terminó su segundo y último mandato constitucional como presidente, Kibaki se retiró de la vida pública.