Abidal se inició en el fútbol en el equipo juvenil del Lyon Duchère, equipo de la ciudad de Lyon, donde nació. Comenzó su carrera profesional en Mónaco el 16 de septiembre de 2000 en Mónaco.
El futbolista que disputó 25 partidos de liga aquí se transfirió al Lille después del técnico Claude Puel, quien pasó al equipo del Lille en 2002. Abidal, que también disputó 62 partidos con este equipo, fue cedido al Olimpik Lyon de su ciudad natal, el Lyon, en 2004. El futbolista, que ganó el campeonato de la liga francesa 3 veces seguidas aquí, jugó codo a codo con jugadores importantes como Grégory Coupet, François Clerc, Anthony Réveillère, Cris y Caçapa en el medio de la defensa.
El 17 de enero de 2007, marcó su primer gol con el Olympique de Lyon contra el Le Mans en las semifinales de la Coupe de la Ligue. En el mismo año, el 30 de junio, fue traspasado al equipo de Barcelona por una tarifa de transferencia de 9 millones de euros. El jugador, que firmó un contrato por cuatro temporadas, eligió el número 22 porque la camiseta con el número 20 que vistió en el Lyon se la compró Deco.