La semana pasada se identificó una nueva variante del coronavirus que fusiona elementos de Delta y Omicron, según la Organización Mundial de la Salud y GISAID, la organización que rastrea la mutación de los virus. Su detección, dicen los expertos, destaca el importante papel que juega la vigilancia genómica.
Se ha detectado en varias regiones de Francia y en Dinamarca, los Países Bajos y Alemania. La variante ha estado en circulación desde enero. La OMS dijo que aún no está claro si la variante es distinta de sus predecesoras en términos de infecciosidad o gravedad, aunque se están realizando estudios.
Dos años después de que la OMS declarara el Covid-19 como una pandemia, los casos globales comienzan a disminuir pero sigue matando 50.000 personas a la semana. Alrededor de 6 millones de personas han muerto en la pandemia, según datos oficiales de los gobiernos, aunque un estudio reciente sugiere que el número real de muertes relacionadas con Covid puede ser tres veces mayor.
Los funcionarios de salud pública han instado a no caer en la autocomplacencia a medida que los países de todo el mundo eliminan las restricciones que se impusieron para detener la propagación de la enfermedad. “Todavía enfrentamos la amenaza de nuevas variantes de covid que podrían ser más graves, podrían ser más transmisibles o incluso podrían escapar a la protección de las vacunas actuales”, dijo la semana pasada Sajid Javid, secretario de salud del Reino Unido.
Los epidemiólogos coinciden en que la aparición de variantes virales será el factor más importante que impulsará el curso de la pandemia. La identificación rápida de variantes de preocupación jugará un papel clave en la prevención de futuras crisis de salud pública.
¿Cómo identifican y rastrean los científicos nuevas variantes?
La principal vía es a través de la “secuenciación genómica” de muestras extraídas de pruebas PCR de Covid. El código genético de Sars-Cov-2, su genoma, se almacena como una secuencia de cuatro «bases» bioquímicas distribuidas a lo largo de una larga molécula de ARN.
Para leer el genoma, los científicos convierten el ARN en ADN, una molécula estrechamente relacionada que almacena el material genético en las células vivas. La secuencia genética del virus puede ser leída por máquinas que también se utilizan para decodificar el ADN humano, animal, bacteriano y vegetal.
En el Instituto Wellcome Sanger, el centro de secuenciación más grande del Reino Unido, por lo general toma alrededor de cinco días transferir muestras de los laboratorios de prueba de todo el país a las máquinas de secuenciación y luego dos días leer las 30 000 «letras» bioquímicas del código genético viral en cada muestra.
“Es una gran operación logística”, dijo Ewan Harrison, especialista en genómica microbiana del instituto.
Una alternativa al análisis de virus de personas infectadas es la genómica colectiva, que utiliza muestras de aguas residuales y residuales que retienen rastros de coronavirus excretados por las personas. Esta tecnología se está volviendo lo suficientemente sensible como para distinguir diferentes variantes virales en lugar de solo la presencia de Sars-Cov-2 en el área.
“El monitoreo de aguas residuales ha dado algunos pasos hacia adelante durante la pandemia y será parte de la vigilancia en el futuro”, dijo Harrison, “pero nunca nos puede decir tanto como la secuenciación de individuos junto con los datos de los pacientes que nos pueden informar sobre el biología de la variante.”
¿Por qué es tan importante la vigilancia?
La vigilancia a través de la secuenciación genómica debe mantenerse a un nivel efectivo en todo el mundo para identificar nuevas amenazas a medida que los gobiernos reducen las pruebas de Covid, dijo Peter Bogner, director ejecutivo de GISAID.
“Si tuviéramos que reducir las pruebas en general, existe un riesgo significativo de que nos perdamos varias variantes nuevas”, dijo Bogner. “El poder de una buena estrategia de muestreo es que los cambios relevantes se pueden capturar de manera efectiva. Pero tales esfuerzos de vigilancia deben realizarse a nivel mundial”.
Es importante destacar que la recombinación, cuando dos moléculas de ADN intercambian piezas de su material genético entre sí, es de esperar, dijeron funcionarios de la OMS y otros, especialmente dados los altos niveles de circulación viral en el fondo. También es bastante común en los virus de la influenza.
¿Cómo abordan los diferentes países las pruebas y la secuenciación?
Los países más ricos, como los EE. UU. y las naciones europeas, suelen secuenciar más que sus contrapartes más pobres. Gran parte de esta diferencia se debe a que las economías avanzadas tienen personal más capacitado y mejor acceso al hardware (máquinas y reactivos) necesarios para realizar la secuenciación genómica.
Los expertos dicen que Omicron expuso hasta qué punto las desigualdades en el manejo de la pandemia no se limitaron al suministro de vacunas o pruebas y se extendieron a herramientas clave como la secuenciación.
Pero la secuenciación en lugares con menos recursos aún puede producir resultados poderosos, como en Sudáfrica.
Tulio de Oliveira, profesor de bioinformática en la Universidad de Stellenbosch y uno de los científicos detrás del descubrimiento de las variantes Beta y Omicron, dijo que países con grandes recursos y bajas tasas de infección, como Dinamarca y Australia, podrían secuenciar “casi todo” antes de la llegada. de Omicrón. Pero ese enfoque ya no es tan viable cuando aumentan los casos porque la secuenciación no puede seguir el ritmo de la cantidad de casos.
De Oliveira dijo que su equipo se ha centrado desde marzo de 2020 en la secuenciación aleatoria y proporcional cada semana. Significa que sus investigadores seleccionan provincias al azar y se centran en las muestras que se secuenciarán de acuerdo con los números de casos.
¿Qué tan preocupados deberíamos estar por la nueva variante?
De Oliveira dijo que no estaba particularmente preocupado por la variante recombinante, que aún no ha sido nombrada por los científicos pero que ha sido denominada Deltacron en algunos informes de los medios, debido al pequeño número de casos en medio de la disminución general de las infecciones y el aumento de las tasas de vacunación.
“Estamos alerta pero no estamos preocupados”, dijo.
Maria Van Kerkhove, líder técnica de covid-19 de la OMS, dijo que era demasiado pronto para que la gente se preocupara. “No hemos visto ningún cambio en la epidemiología. . .[or]en gravedad”, dijo, y agregó que se están realizando varios estudios.
¿Cuál es la probabilidad de que surja una variante más patógena y qué probabilidades hay de que la detectemos?
Los virólogos son unánimes en la opinión de que surgirán nuevas variantes. Sin embargo, nadie puede predecir el momento de su aparición o cuán virulentos pueden ser.
«Advertimos que los síntomas más leves en la población humana y en modelos animales asociados con la variante Omicron en comparación con variantes anteriores probablemente sean un evento fortuito», advirtió Nervtag, un grupo de expertos en salud que asesoran al gobierno del Reino Unido sobre nuevos y virus emergentes. “La pérdida de virulencia a medida que los virus evolucionan es un concepto erróneo común”.
Bogner de GISAID dijo que la identificación de la variante recombinante «subraya la necesidad indispensable de una vigilancia eficaz, ya que una reducción gradual de las pruebas en general conlleva el riesgo significativo de que no detectemos virus recombinantes a medida que el virus evoluciona».
“Pero tales esfuerzos de vigilancia deben realizarse a nivel mundial y con una buena estrategia de muestreo”, agregó.