Rajapaksa, de 73 años, había anunciado el lunes al primer ministro Ranil Wickremesinghe que renunciaría.
Salió de Sri Lanka en un avión militar rumbo a las Maldivas, donde tras aterrizar partió con su esposa y un guardaespaldas bajo escolta policial hacia un destino desconocido.
Rajapaksa también tuvo que huir el sábado, cuando los manifestantes asaltaron el palacio presidencial en la capital, Colombo. El domingo, el presidente confirmó que renunciaría el miércoles.
Según los medios locales, se espera que el parlamento nombre a un presidente interino para el final de la semana, después de lo cual se debería celebrar un nuevo primer ministro, un gobierno interino y, en última instancia, elecciones.
Sri Lanka se enfrenta a una grave crisis económica y está en quiebra. Hay escasez de alimentos, medicinas, combustible y divisas.