İçinde Metroid Füzyonu, yıldızlararası ödül avcısı Samus Aran, gizemli gezegen SR388’i keşfederken bir X paraziti tarafından saldırıya uğrar. Bu organizma sadece ölümcül değil, aynı zamanda enfekte ettiği herhangi bir yaratığın yeteneklerini taklit edebilir – Samus’un kendisi dahil! X parazitinin tek doğal avcısı olan Metroid DNA’sının infüzyonu sayesinde uçurumun eşiğinden kurtulmuş, çok geçmeden parazitin SR388 yörüngesindeki araştırma istasyonuna yayıldığını keşfeder. Zayıflamış ve seçenekleri tükenmiş olan Samus, X tehdidini çok geç olmadan yok etmek için ne gerekiyorsa yapmalıdır.
