İkinci Dünya Savaşı sırasında genç Mahito Maki (Soma Santoki) yürek burkan bir aile trajedisi yaşar ve hemen kırsal bölgeye taşınmak zorundadır; burada babası (Takuya Kimura), tıpkı Miyazaki’nin kendi babasının yaptığı gibi, Japonya ordusu için uçak yapan bir ailede çalışır.
Yalnız kalan Mahito, gizemli manzaraları keşfetmeye başlar ve varlığını ısrarla sürdüren gri bir balıkçılla karşılaşır. Çocuk aynı zamanda terk edilmiş bir kulenin başına da gelir. Merak ederek içeri girer. Buradan, Oğlan ve Balıkçıl harika, çoğu zaman şaşırtıcı bir fantazmagoriye doğru genişliyor.